L’échantillonnage automatisé dans l’océan Austral : un défi relevé avec succès au large des îles Kerguelen

L’océan Austral est un acteur clef du climat, où les données restent difficiles à obtenir. Quelques paramètres sont aujourd’hui acquis par des capteurs sur différents vecteurs, mais la majorité d’entre eux nécessite encore le prélèvement d’échantillons lors de campagnes océanographiques rares et coûteuses. C’est le cas de la composition des communautés de microorganismes (phytoplancton et bactéries) qui sont les acteurs de la pompe biologique de carbone.

Des chercheurs du Laboratoire d’océanographie microbienne (LOMIC, CNRS / Sorbonne Université), avec le soutien de la Division technique de l’INSU, viennent de franchir une nouvelle et importante étape en déployant un préleveur autonome à 50 m de profondeur au cœur des 50e hurlants. D’octobre 2016 à avril 2017, ce préleveur autonome a échantillonné tous les 11 jours l’océan ambiant. Un piège à particules a également été mouillé à 300 m sous la surface. Les prélèvements de ces deux instruments ont été synchronisés pour permettre la déscription du couplage entre la formation de biomasse en surface et son export en profondeur.

Les analyses microscopiques ont révélé que 30 taxons de diatomées contribuaient au stock et à l’export de carbone, avec chacun une dynamique saisonnière particulière. La formation d’agrégats s'avère être un processus clef, indépendant de la morphologie des diatomées, qui contrôle à la fois l’abondance maximale d’un taxon en surface et son export sous forme pulsée.
La composition des communautés de diatomées a été comparée à celle des communautés de bactéries obtenue par séquençage. Des associations très nombreuses et positives ont été observées pendant l’été, suggérant une coopération, tandis qu’elles étaient moins nombreuses et négatives pendant le bloom printanier, suggérant une compétition.